WES i WGS putem NGS-a za neurološke bolesti
Obrada moguće neurogenetičke bolesti započinje procjenom fenotipa pacijenta. Ovisno o nalazima, liječnik upućuje pacijenta na odgovarajuću genetičku analizu.
Sekvenciranje cijelog egzoma (WES, 100X) i sekvenciranje cijelog genoma (WGS, 30X) koriste sekvenciranje nove generacije te mogu otkriti male delecije, duplikacije i varijante pojedinačnih nukleotida. Poremećaji uzrokovani velikim pregradnjama, kromosomskim abnormalnostima ili ekspanzijama ponavljanja zahtijevaju druge molekularne analize.
NGS se može koristiti za ciljane multigenske panele, sve kodirajuće egzone (WES) ili cijeli genom (WGS). WES ispituje kodirajuće regije i može otkriti poznate ili nove varijante, sekundarne nalaze, status nositelja i farmakogenetičke varijante.
Mitohondrijska DNA
Mitohondrijska DNA sadrži 37 gena koji kodiraju 13 proteina, 22 prijenosne RNA i 2 ribosomske RNA. Mitohondriji podupiru proizvodnju energije i sudjeluju u regulaciji kalcija, apoptozi i metabolizmu. Poremećaji mogu zahvatiti oči, sluh, hormone, srce, probavni trakt, živčani sustav, mišiće, jetru i bubrege.
Ovisno o fenotipu i obiteljskoj anamnezi, specijalist može zatražiti analizu cijelog mitohondrijskog genoma putem NGS-a ili ciljano sekvenciranje metodom Sanger.
Odabrani mitohondrijski sindromi
MELAS (MT-TL1, MT-ND3, MT-ND5, MT-CYTB); CPEO (MT-TV, MT-TL2); Kearns–Sayre (velika delecija mitohondrijske DNA); MIDD (MT-TL1, MT-ND1); MERRF (MT-TK, MT-ND5); LHON (MT-ND1, MT-CO3, MT-ND6, MT-ND4); Leighov sindrom i NARP (MT-ATP6, MT-ND6, MT-ND4); Pearsonov sindrom (velika delecija mitohondrijske DNA).